Program Kepramukaan di Junior High School Global Islamic School 3 Yogyakarta adalah kegiatan pendidikan di luar kelas yang bertujuan untuk membentuk karakter, keterampilan, dan jiwa kepemimpinan siswa. Program ini penting sebagai sarana membangun disiplin, tanggung jawab, kemandirian, serta kecakapan sosial yang sangat dibutuhkan dalam kehidupan sehari-hari. Tujuan dari kegiatan Kepramukaan adalah untuk mengembangkan sikap mandiri dan keterampilan praktis, membentuk solidaritas, serta menanamkan semangat gotong royong.

Dalam kegiatan ini, siswa terlibat dalam berbagai aktivitas seperti latihan keterampilan baris-berbaris, teknik bertahan hidup, pemecahan masalah kelompok, hingga bakti sosial. Diharapkan, melalui program ini, siswa mampu menerapkan nilai-nilai kepramukaan dalam kehidupan sehari-hari, menjadi pribadi yang tangguh, berkarakter, dan memiliki jiwa kepemimpinan yang kuat.