Program Keputrian di Junior High School GIS 3 Jogja adalah kegiatan khusus yang diikuti oleh seluruh siswa putri, bertujuan membekali mereka dengan ilmu dan keterampilan yang mendukung peran serta potensi mereka sebagai perempuan. Dalam program ini, para siswa putri diajak untuk mengikuti berbagai kegiatan praktis dan edukatif seperti case studies, kajian keagamaan, menanam sayuran, menjahit, dan memasak.

Urgensi program ini terletak pada pentingnya mempersiapkan siswi agar mandiri, terampil, dan berwawasan luas, sekaligus mampu menjalankan peran sosial dan pribadi secara seimbang. Harapannya, Keputrian dapat membantu membentuk siswa putri menjadi individu yang cakap, berkarakter, dan siap menghadapi peran masa depan dengan percaya diri dan keterampilan yang memadai.