Program wisuda di Junior High School Global Islamic School 3 Yogyakarta adalah acara formal yang diadakan untuk merayakan kelulusan siswa dari tingkat pendidikan menengah pertama. Kegiatan ini penting sebagai momen penghargaan atas pencapaian akademis dan non-akademis siswa selama belajar, sekaligus memberikan pengakuan kepada usaha keras mereka dalam menempuh pendidikan. Tujuan dari acara wisuda ini adalah untuk memberikan rasa bangga kepada siswa dan orang tua, serta menandai transisi siswa menuju tahap pendidikan berikutnya.

Dalam acara tersebut, akan ada prosesi pengalungan medali, sambutan dari kepala sekolah, penampilan seni dari siswa, dan penyampaian penghargaan bagi siswa berprestasi. Diharapkan, melalui program wisuda ini, siswa merasa termotivasi untuk melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi, serta memiliki kenangan indah yang dapat dikenang seumur hidup sebagai bagian dari perjalanan mereka dalam menuntut ilmu.